Wydarzenia polityczne zwłaszcza zabór pruski, a po 1807 r. rosyjski, postawiły pijarów drohickich, w nowej sytuacji, swoistego zderzenia się wyznań chrześcijańskich : katolickiego z luterańskim i prawosławnym, choć to ostatnie było lepiej znane ze względu na wielowiekowe współistnienie. Zmienia się jednak sytuacja prawosławia pod zaborem rosyjskim, które stało się religią panującą, uprzywilejowaną w przeciwieństwie do prześladowanej - katolickiej. Likwidacji uległa Unia.

W okresie zaboru pruskiego 1793- 1807, Drohiczyn i okolice były miejscem stacjonowania pruskich oddziałów wojskowych zwanych „ Legią Bośniacką”. Oficerowie pruscy sprowadzili tu swoje rodziny, żołnierze zawierali małżeństwa. Zaistniał problem chrztu dzieci, błogosławienia związków małżeńskich, grzebanie umarłych, gdyż w Drohiczynie nie było pastora protestanckiego. Pijarzy prawdopodobnie bez większych oporów wewnętrznych szafowali sakrament chrztu i małżeństwa nawet wtedy, gdy oboje małżonkowie byli i pozostawali luteranami. Podobnie postępowali przy małżeństwach mieszanych: katolicko - luterańskich. Dopuszczali ludzi wyznania Augsburskiego do pełnienia funkcji świadków przy ślubie i rodziców chrzestnych. Ciekawe, że czasem stosowali się nawet do zwyczajów protestanckich, błogosławiąc, np. związek małżeński in cubiculo.

Czy zaważyła tu swoista tolerancja pijarów? Czy był to przejaw oświeceniowego indyferentyzmu? Czy też po prostu sytuacja pewnego przymusu ze strony zaborców? Trudno to dzisiaj rozstrzygnąć. Prawdopodobnie wszystkie te elementy grały pewną rolę w takim ekumenicznym sposobie duszpasterstwa katolicko- luterańskiego. Ne wiadomo też, czy to tolerancyjne nastawienie w zakresie sprawowania posług religijnych prowadziło do zbliżenia obu wyznań i czy budziło tęsknotę za zjednoczeniem.

Zanim nastąpiły ukazy, likwidujące Kościół Unicki i stosujące coraz ostrzejsze restrykcje wobec Kościoła Łacińskiego, był pewien okres pod zaborem rosyjskim ( po 1807 r. ) w którym pijarzy mogli się łudzić, że katolicyzm będzie się cieszył tolerancją zaborczych władz. W tej pierwszej fazie można w działalności pijarów drohickich dopatrywać się pewnych posunięć o charakterze ekumenicznym. Wyrazem tego są małżeństwa mieszane, pełnienie przez prawosławnych roli świadków przy ślubie lub funkcji rodziców chrzestnych. Było to dla ludności miejscowej coś tak samo przez się zrozumiałego, że zakazy w tym względzie przyjmowane były jako naruszenie tradycyjnych norm. Na pewno istotne znaczenie dla takiego podejścia do wyznawców prawosławia miało, to że w świadomości zwykłych ludzi granica między unitami i prawosławnymi nie była ostra. Dopiero likwidacja unii i ukazy prześladowcze wobec Kościoła Rzymsko-katolickiego obrządku łacińskiego, zmieniły tę tolerancyjność we wzajemną wrogość.