Zaborcze władze rosyjskie miały dalekosiężny plan walki z Kościołem Kato­lickim i konsekwentnie go realizowały. W ramach tego programu znajdował się na pierwszym miejscu plan stopniowej likwidacji wszystkich rzymskokatolickich klasztorów. Nasilały się sposoby inwigilacji domów zakonnych i działalności po­szczególnych zakonników. Zakazano przyjmowania nowych kandydatów bez zgody ministra „obcych wyznań". Nic wolno było prowadzić kwest, wyjeżdżać do innych klasztorów, bez uzyskania na to zezwolenia, coraz bardziej ogranicza­na była działalność duszpasterska zakonów.

Powstanie listopadowe i udział w nim bezpośredni lub pośredni także i du­chowieństwa zakonnego przyśpieszyły realizację rosyjskich planów w zakresie li­kwidacji klasztorów. Pretekstem do zamykania Klasztorów przez zaborcze władze była zbyt niska liczba zakonników w danym domu. Rozporządzenie z wyszczególnieniem likwidowanych  klasztorów, wydał car Aleksander I dnia 17maja 1812 roku.

Na liście klasztorów likwidowanych w pierwszej kolejności znalazł się kon­went franciszkanów w Drohiczynie . Po przejęciu z rąk zakonników kościoła i klasztoru wraz z całym majątkiem, likwidatorzy przeznaczyli budynki klasztorne na koszary wojskowe . Kościół został zamknięty na 85 lat. Zakrystia kościoła za­mieniona na cerkiewną kaplicę dla wojska a następnie dla dziewcząt, kształcą­cych się w rosyjskim studium nauczycielskim . Place, ogrody i część ziem poklasztornych władze carskie przekazały duchowieństwu prawosławnemu .

Ostatnia ekipa franciszkańska, której przyszło przeżywać gorycz likwidacji ich klasztoru i zamknięcia świątyni, składała się z czterech franciszkanów: o. Do­minika Olędzkiego — gwardiana, o. Łukasza Tymińskiego, o. Agatona Wierciń­skiego i o. Gabriela Woyno .

W latach 1832-1856 zamknięte zostały w Drohiczynie wszystkie katolickie kla­sztory. Na „pierwszy ogień" poszli franciszkanie i uniccy Bazylianie już w 1832 roku. Potem pijarzy w 1845 roku i na końcu benedyktynki w 1856 roku . Anty­kościelna i antypolska polityka carska święciła swój tryumf. W Drohiczynie, ośrodku działalności wielu klasztorów, życie zakonne zamarło. Bez przeszkód działał dalej tylko klasztor prawosławny po „Ruskiej Stronie" Drohiczyna przy cerkwi Spasa. Spośród czterech katolickich świątyń, dwie zostały zamknięte na ponad osiemdziesiąt lat (kościół pofranciszkański i pobenedyktyński), jedna za­mieniona na cerkiew prawosławną (unicki kościół pobazyliański) i tylko jedna parafialna świątynia katolicka pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej mogła dalej funkcjonować zgodnie ze swoim przeznaczeniem .