W 1856 roku, w klasztorze benedyktyńskim w Drohiczynie przebywało10 mniszek. Przełożoną konwentu była Alojza Tonder. Zakaz przyjmowania nowych kandydatek do zakonu, wydany już wcześniej przez władze zaborcze, prowadził nieuchronnie do zmniejszenia stanu osobowego konwentów, to zaś z kolei dawało tytuł carskiej administracji do likwida­cji niepełnych pod względem ilości zakonnic klasztorów.

Z korespondencji urzędowej Duchownego Konsystorza Wileńskiego, archidiakona białostockiego, wizytatora żeńskich klasztorów w diecezji wileńskiej i dziekana bielskiego, dowiadujemy się o przebiegu kasaty klasztoru Benedyktynek.

Pismo Konsystorza nr 6519 z dnia 30 czerwca 1856 roku do dziekana bielskiego, w oparciu o ukaz z 25.06 tegoż roku, nr .696, poleca wysłać do Wilna mniszki z Drohiczyna,, zamknąć kościół a budynki poklasztorne przekazać proboszczowi tutejszej parafii rzymskokatolickiej p.w. Trójcy Przenajświętszej. Mniszki usiłowały ratować prawo do klasztoru, przez próbę pozostawienia w Drohiczynie siostry Zuzanny Boguckiej liczącej86 lat' i ciężko chorej. Konsystorz polecił jednak przewieźć mniszkę Zuzannę do sióstr miłosierdzia w Ciechanowcu.

Pismo konsystorza nr 6696 z 25 lipca 1856 r. wspomina o raporcie wizytatora zakonów żeńskich, kanonika Wróblewskiego z 30 czerwca tegoż roku, dotyczącym kosztów wyekspediowania Benedyktynek z Dro­hiczyna do Wilna. Za dziesięć koni pocztowych zapłacono 88 rubli i 88 kopiejek, za pięć wozów i woźniców 18 rubli i 90 kopiejek, co dawało łącznie sumę 107 rubli i 78 kopiejek.

Archidiakon białostocki dokonał spisu rzeczy kościelnych i poklasztornych zgodnie z poleceniem konsystorza. Sporządził też spis naczyń kościelnych zebranych przez przełożoną Alojzę Tonder do Wilna. Obrazy

inne elementy wyposażenia zamkniętego przez władze carskie pobenedyktyńskiego kościoła przekazane zostały do dyspozycji dziekana bielskiego. Budynki poklasztorne oddano w administrację Ks. J. Broniewiczowi, proboszczowi parafii Trójcy Przenajświętszej w Drohiczynie. Na przełomie czerwca i lipca 1856 roku mniszki drohickie były już w Wilnie. Zuzanna Bogucka w Ciechanowcu, w klasztorze Sióstr Miło­sierdzia. Owocna działalność benedyktyńskiego konwentu w Drohiczynie trwająca 233 lata została brutalnie przerwana. Wprawdzie, w okresie Powstania Styczniowego powróciły jeszcze zakonnice do drohickiego klasztoru ale niestety na krótko. Były to Siostry Miłosierdzia z Warszawy (być może wypełniały w ten sposób testament Zuzanny Boguckiej) a także Benedyktynki z Wilna. Wiedziały o tym władze kościelne, o czym świad­czy ewidentnie nominata na „Kapelana Zakładu Ubogich Siostrzyczek w Drohiczynie” dla ks. Milewskiego, wystawiona w Wilnie 8 marca 1862 r. przez biskupa wileńskiego Adama Stanisława Krasińskiego.  Zakonnice działały tutaj przez dwa lata, prowadząc szpital z tajną szkółką dla dzieci. Wykrycie tej szkoły spowodowało konsternację władz administracyjnych, które oficjalnie nic nie wiedziały o powrocie zakonnic do skasowanego przed laty klasztoru w Drohiczynie.

 Naczelnik wojenny miasta Bielska i powiatu, pismem nr 3441 z 9 czerwca 1864 roku, polecił „prystawowi” IV rejonu powiatu zamknąć tę nielegalną polską szkolę, a wszystkie polskie książki opieczętować. Następnym pismem z tegoż samego dnia nr 3442, nakazał ściągnąć karę 800 rubli z przełożonej zakonnej Walentyny Rutkowskiej, „po 200 rubli od każdej z 4 sióstr, które tam uczyły”. Gubernator wojskowy miasta Grodna, donosi Generalnemu Gubernatorowi Wileńskiemu pismem nr 884 z 18 lipca 1864 roku, że na jego polecenie „sprawnik” tamtejszego powiatu bielskiego nadesłał takie sprawozdanie: „W skasowanych żeńskich klasztorach PP. Benedyktynek w Drohiczyniei Ciechanowcu, zamieszkały siostry miłosierdzia z Wilna i z Warszawy. W pierwszym 4 w drugim 7. Żeby unieszkodliwić zły wpływ na miejscową ludność tych zakonnic, które nieustannie dążą do budzenia ducha polskiego, proponuję zamknąć te nielegalnie istniejące klasztory, zakonnice wysłać z powrotem, skąd były, dzieci przez nie wychowywane oddać do zakładów dobroczynnych, którymi kierują Rosjanie. Drohiczyński kościół i klasztor z budynkami, którym od 1856 roku władze kościelne katolickie nie wska­zały przeznaczenia, oddać Ministerstwu Oświaty lub duchowieństwu prawosławnemu”.

Naczelnik wojenny miasta Bielska, w piśmie nr 5177 z 25 sierpnia 1854 r. donosił dowódcy 2 batalionu 2 sofijskiego pułku piechoty, że „na skutek polecenia głównego naczelnika kraju, które mi zakomunikował naczelnik guberni grodzieńskiej pismem z 19 sierpnia 1864 roku nr 8965, polecam Panu: 1) zamknąć skasowany żeński rz-kat. klasztor w Drohiczynie w myśl rozkazu carskiego z 1856 roku, 2) Zakonnice, które przyjechały do Drohiczyna z Wilna odesłać do mnie bym je z powrotem do Wilna wyprowadził pod dozorem policji... 3) Kościół poklasztorny oddać pod zarząd policji aż do nowych zarządzeń, 4) Księdza miejscowego zbadać na mocy jakiego pozwolenia było wznowione życie klasztorne i urządzić nad nim dozór policyjny”. Cztery zakonnice Walentyna Rutkowska (przełożona) lat 48, Tekla Anżelika lat 25, Katarzyna Limoszewska lat 26 i Jadwiga Budzińska lat 25 zostały 2 września 1864 roku wysłane do więzienia do Bielska. Epilog sprawy podaje pismo naczelnika wojennego powiatu bełskiego z dnia 14 marca 1866 roku nr 1182. Naczelnik donosi w nim Gubernatorowi Grodzieńskiemu, że „2 września 1864 roku został zamienięty kościół benedyktyński w Drohiczynie”. W klasztorze urządzo­no koszary wojskowe, potem przeznaczono go na szpital zakaźny, wreszcie władze carskie sprowadziły tu mniszki prawosławne, które jednak opuściły Drohiczyn, ze względu na nieprzychylność miejscowej ludności.

Wtedy klasztor i kościół oddano do dyspozycji duchowieństwa prawosławnego. Klasztor został rozebrany do fundamentów na budulec a zakrystię kościoła zamieniono na małą cerkiew św. Agapita. Kościół popadał stopniowo w ruinę. Zdawało się, że dla dziedzictwa pobenedyktynskiego nie ma już ratunku.