Wojska saskie w pochodzie na Litwę r. 1699 zrujnowały większą część folwarków w pobliżu Drohiczyna i nie ominęły również miasta, nałożyły nań kontrybucję, którą w pięć dni kazano wnieść do sztabu. Kontrybucja była dość wysoka, bo sam rektor rezydencji Samuel Osmowski wpłacił 11022 tynfy; wogóle nie było w Drohiczynie domu, z którego nie pobranoby opłaty. Zdzierstwa wojsk saskich stały się przysłowiowe, a Drohiczyn w zupełności doświadczył tego na sobie.

Gdy Szwedzi w r. 1704 zajęli Mazowsze, Drohiczyn cieszył się względnym spokojem, do szkół napłynęła mazowiecka młodzież, schronili się tutaj Jezuici z Pułtuska. Czas jakiś było tu zacisznie. Lecz już w następnym roku chorągiew litewska zajęła miasto, żołnierze rozpoczęli znęcanie się nad mieszczanami i wieśniakami pomimo tak zwanej liberacji hetmana Wiśniewskiego.

Maltretowanie ludności i jej stan psychiczny w owym czasie odzwierciadla następujący fakt opisany w aktach miejskich i podany przez późniejszego badacza okresu Augusta II.

„W Drohiczynie kmieć jeden znieść dłużej nie mogąc znękań i bicia, własnego zabił syna, aby prędzej zakończył życie pod mieczem kata44. Notatka ta mówi sama za siebie.

Moskale okazali się najmniej ludzkimi; w stosunku do wojsk carskich. Sasi byli o wiele kulturalniejsi w obejściu z ludnością zajmowanych terenów. Drohiczyn czuł się w saskim posiadaniu o wiele lepiej niż inne miejscowości, a stało się tak na skutek zabiegów superiora Jędrzeja Malskiego, który potrafił zjednać sobie generała von Schulenburga wraz z pułkownikiem Wielmannem i Plolendem, okazując im wiele gościnności, w zamian za co Schulenburg wydał surowy nakaz zachowania spokoju w mieście i wypadki gwałtu osobiście karał.

Przemarsze wojsk koronnych były również uciążliwe z tego względu, że wojska polskie potrzebując pieniędzy na prowadzenie wojny nie oszczędzały podatków miastom i nałożone ciężary ściągały bez jakichkolwiek względów.

W tym wypadku dopomógł Drohiczynowi biskup przemyski Bakum. Chcąc zachować od zniszczenia dobra kościelne, otrzymał od hetmanów Lubomirskiego i Sieniawskiego liberację dla Drohiczyna, która osłoniła go przed przykrościami ze strony wojsk koronnych. Nie na długo to jednak wystarczało, skoro miasto przechodziło z rąk do rąk. Warunki wojny były zresztą tego rodzaju, że każdorazowy posiadacz danego obiektu starał się wycisnąć z niego możliwie wszystko, bo gdyby tego zaniechał, na drugi dzień przeciwnik mógł być w tym samym miejscu i zrobić to samo.

Bez różnicy więc, czy to Polacy, czy Sasi, Moskwa z kozaczyzną czy Szwedzi, każdy kto wkroczył do Drohiczyna nie był wobec niego litościwym.

W roku 1706 Polacy i Sasi zniszczyli w okolicznych folwarkach zielone jeszcze zasiewy, nie chcąc by wpadły one w ręce strony przeciwnej. W latach 1707 - 1710 rezydencja jezuicka służyła za kwaterę sztabów wojskowych, w której oficerowie zajmowali swe mieszkania, mając przy sobie całe rodziny, to znowu mieściły się w niej biura i mieszkania intendentów. Jezuici tymczasem ukrywali się wśród szlachty, przeważnie u Ossolińskich i Godlewskich, byli jednak pilnie poszukiwani przez wojska koronne w celu pobrania opłat. Znaleziono ich ostatecznie w Lizie Nowej, gdzie posiadali dworek z kościółkiem i zmuszono do wypłacenia 11.900 tynfów kontrybucji.

Moskwa ilekroć zajrzała do Drohiczyna, tylekroć zostawiała po sobie zarazę w mieście. Przywlekli kozacy w r. 1710 jakąś zaraźliwą epidemię, której ofiarą padło 350 mieszczan, 5 Franciszkanów, 4 Benedyktynów i altarzysta ks. Michał Truchoniewicz, z Jezuitów 4 pozostało w mieście dla pełnienia obsługi przy chorych, z tej liczby wszyscy pozostali przy życiu.