Zamieszkali oni w domu podarowanym Towarzystwu Jezusowemu przez księdza proboszcza. Ksiądz Jędrzej dał też zakonnikom folwark a także przekazywał im część dochodów parafialnych. W zamian za to zobowiązał jezuitów do głoszenia kazań w drohickiej farze, do spowia­dania wiernych i pełnienia innych obowiązków duszpasterskich. Nie obyło się bez przeszkód. Ze sprowadzenia jezuitów byli niezadowoleni nie tylko prawosławni ale również i franciszkanie drohiccy. Tak jedni jak drudzy, choć z innych powodów robili wszystko co było w ich mocy, żeby nie dopuścić do osiedlenia się zakonników św. Igna­cego w Drohiczynie. Zdecydowana postawa ks. Petrykowskiego, życzli­wość szlachty, poparcie ze strony biskupa łuckiego, pozwoliły przezwy­ciężyć wszystkie te trudności. Materialnym wyrazem sympatii i popar­cia dla jezuitów drohickich były liczne darowizny i zapisy czynione na rzecz zakonników przez duchowieństwo i okoliczną szlachtę.

Pomyślny rozwój placówki misyjnej OO. Jezuitów w Drohiczynie zahamowany zo­stał przez kataklizm wojenny. Wojska szwedzkie, tatarskie, wołoskie i kozackie hordy Rakoczego zniszczyły doszczętnie Drohiczyn. Znacz­na część ludności została wymordowana a kościoły spalone. Placówka jezuitów drohickich przestała istnieć, dom misyjny strawił ogień. Za­konnicy nie opuścili jednak terenu swej pracy duszpasterskiej. W prze­braniu chłopskim krążyli po okolicy, niosąc posługę religijną ocalałym zpożogi i mordów parafianom drohickim. Grozę sytuacji, jaka wtedy zaistniała, oddaje w sposób obrazowy opis S. Załęskiego: „Ojciec Sa­wicki błąkając się długo napotkał panią Mińczewską, za chłopkę przy­strojoną bez męża, bo ten umarł w ucieczce przed bandami Rakoczego, i grosza, bo wszystko złupione i spalone. Podzielił się z nią tym co miał, dając 20 złotych polskich dobrodziejce swojej i zakonu. Niezadługo on sam potrzebował jej pomocy, sterany, chory schronił się w Mińczewie i tam, pielęgnowany przez tę dobrą panią umarł w chacie wiejskiej na zarazę 27 IX 1657 r. Pochowano go w polu pod krzyżem, w rok potem przeniesiono go do grobów w Drohiczynie. Dzielny ojciec Zawlicki, prze­brany i on, uganiał się konno po lasach, po siołach spalonych, niosąc pomoc umierającym, bo bandy Rakoczego zostawiły zarazę, która do­pełniła miary nieszczęść.

Po trzech latach tułaczki, w 1657 r. wracają jezuici do Drohiczy­na. Nowym superiorem domu, po śmierci o. Sawickiego, został Walen­ty Kosiński a podwładnymi i współpracownikami jego byli ojcowie: Daniel Jankowski i Jan Zawlicki. Powrót na zgliszcza musiał być wstrząsającym przeżyciem: spalony dom zakonny, kościół i większa część miasta, puste miejsca po zamordowanych lub uprowadzonych w niewo­lę. Być może to ciężkie losowe doświadczenie przyśpieszyło decyzję ks. Pawła Jędrzeja Petrykowskiego o przekazaniu jezuitom parafii drohickiej. Była to decyzja ważka nie tylko dla dalszych losów domu zakon­nego, ale również a może przede wszystkim dla szkolnictwa na Podla­siu oraz duszpasterskiego i kulturalnego poziomu parafii. Biskup Łucki Jan Wydżga przyjął rezygnację księdza Jędrzeja i tymczasowo prze­kazał parafię drohicką zakonnikom św. Ignacego, uzależniając dalsze de­cyzje w tej sprawie od zgody Stolicy Apostolskiej i króla. Król Jan Ka­zimierz wystawił 2 III 1659 r. dokument z przywilejem fundacyjnym dla drohickich jezuitów. Zastrzegał tylko by przy kościele był utrzy­mywany spośród kleru diecezjalnego vicarius perpetuus. Uroczysta in­stalacja OO. Jezuitów w drohiczyńskiej farze odbyła się 10 XII 1661 r.. Delegatem biskupa łuckiego wprowadzającym zakonników w posiadanie parafii drohickiej był ks. Piotr Skibicki kanonik łucki i oficjał sądu bis­kupiego. Załęski wspomina jeszcze, że król „dyplomem 1 czerwca 1664 roku, pieczętowanym przez kanclerza Mikołaja Prażmowskiego, przelał prawo patronatu na każdorazowego superiora lub rektora; ostatecznie jurydycznie oddanie parafii drohickiej miało miejsce 9 czerwca t.r. co wszystko zatwierdził Innocenty XI brevem z 1667 r.” Z archiwum parafialnego w Drohiczynie wynika, że fakt inkorporacji parafii do rezy­dencji jezuickiej w Drohiczynie odnotowany został w aktach Nuncjatury Apostolskiej w Warszawie 4 II 1668 r. W ten sposób, po 10 latach starań, superiorzy rezydencji jezuickiej stali się de facto i de iure pro­boszczami parafii Trójcy Przenajświętszej w Drohiczynie.