Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku, świątynia pobenedykyńska została rewindykowania Kościołowi Katolickiemu. Znajdowała się ona w opłakanym stanie. Po klasztorze pozostały tylko resztki funda­mentów. Restauracją kościoła Wszystkich Świętych zajął się ks. K. Dobrzycki, ówczesny prefekt drohickiego gimnazjum. Po doprowadzeniu świątyni do stanu używalności, przeznaczono ją na kościół szkolny dla dziatwy i młodzieży. Wojna i okupacja, dopisały nową tragiczną kartę do dziejów pobenedyktyńskiego kościoła. Po wysiedleniu księży z Dro­hiczyna w 1940 roku, kościół Wszystkich Świętych został potraktowany przez okupantów jako składowisko odpadów i śmieci. W 1941 roku Niemcy zezwolili na oczyszczanie i remont kościoła i urządzenie przy nim parafii, gdyż kościół Trójcy Przenajświętszej był przez nich zamieniony na strzelnicę, a potem na skład materiałów budowlanych. Funkcję kościoła parafialnego spełniała świątynia pobenedyktyńska równieżpo wyzwoleniu aż do października 1944 roku, kiedy to po doprowadzeniu kościoła Trójcy Przenajświętszej do stanu używalności parafia tam prze­niosła swoją siedzibę.

Odtąd kościół Wszystkich Świętych pełnił funkcję kaplicy przedpogrzebowej, ze względu na bliskie sąsiedztwo z cmentarzem grzebalnym. Taki stan rzeczy utrzymał się do 1957 roku.

Drogę powrotu Benedyktynek, po wieku bez mała, do drohickiego klasztoru kreśliły meandry powojennej historii. W związku ze zmianą granic Polski, mniszki z klasztoru świętej Eufemii musiały opuścić Nieśwież i repatriować się do Polski. Wyjechały 27.11.1945 roku. Po długiej tułaczce, zatrzymały się 20.12 tegoż roku w Łazach, w majątku Benedyktynek ze Staniątek. Część nieświeskich zakonnic, wraz z ksienią Ildefonsą Jaroń wyjechała do Świdnicy 2.05.1946 r., otwierając tam sierociniec i dom dziecka. Pozostałe mniszki wraz z przeoryszą Benedyktą Stalińską udały się do Bystrzycy. Były tam jednak zaledwie trzy tygodnie a to ze względu na groźne bandy grasujące na tamtych terenach. Przeniosły się więc do Ząbkowic Śląskich. Tu zamieszkały w klasztorze po diakonisach protestanckich i utworzyły 3-letnie Liceum Krawieckie, funkcjonujące od początku roku szkolnego 1946/47. Po trzech latach władze administracyjne zamknęły szkołę i przejęły gmach klasztorny. Zakonnice udały się wtedy do Książa k. Miechowa. Prowadziły tam kursy szycia. dla dziewcząt a dwie siostry były katechetkami. Kiedy jednak również i w Świdnicy zabrano siostrom sierociniec i dom dziecka, obie grupy mniszek nieświeskich wezwane zostały przez władze zakonne do klasztoru, w Sierpcu.

Zachęta Prymasa Polski Kardynała Stefana Wyszyńskiego, skierowa­na w 1956 roku do przełożonych zakonnych, dotycząca obejmowania dawnych, placówek, w których niegdyś były klasztory, skasowane potem przez władze zaborcze, podsunęła Benedyktynkom pierwsze myśli o Drohiczynie. Zachęcona osobiście przez Księdza Prymasa, Matka Ksieni Prezeska Janina Szymańska złożyła podanie w tej sprawie do Sekreta­riatu Prymasa i na ręce Administratora Apostolskiego Diecezji w Dro­hiczynie, ks. dr Michała Krzywickiego. Odpowiedzią na te starania był dekret wydany przez Adm. Ap. w Drohiczynie 30 listopada 1957 r., który głosił: „Przychylając się do prośby Przewielebnej Matki Ksieni Prezeski Kongregacji PP Benedyktynek w Polsce z dnia 24.10. br„ niniejszym stosownie do kan. 497 § 1 Kod. Pr. Kan., wyrażam zgodę, by siostry Benedyktynki z Nieświeża osiadły na stałe w Drohiczynie n/B. i po 101 latach wznowiły tu życie zakonne według reguły św. Benedykta, które brutalnie przez zaborcę moskiewskiego zostało przerwane. Jednocześnie przekazuję im bezterminowe władanie ruiny klasztoru i kościoła pod wez­waniem Wszystkich Świętych w Drohiczynie n/B., które niegdyś należały do SS. Benedyktynek. Oddanie tych obiektów na własność Zakonowi w przyszłości, gdy warunki ku temu będą bardziej sprzyjające. Na odda­nie powyższych obiektów na własność Kapituła Katedralna już obecnie wyraziła swą zgodę”.

 Jeszcze przed otrzymaniem tego dekretu, na zapro­szenie ks. inf. dra M. Krzywickiego, przybyło do Drohiczyna 8.11.1957 r. pięć Benedyktynek: przeorysza Benedykta Stalińska, s. Lutgarda Skruńdż. s. Eufemia Suska, s. Maura Mazur i s. Placyda Mazur. Zakonnice zamie­szkały tymczasowo u p. Marii Górkowej a następnie wynajęły cztery pokoje u państwa Bujnów. W grudniu przyjechały tu jeszcze trzy Bene­dyktynki nieświeskie: s. Romana Dawidowska (10.12), s. Bernarda Keberti Leonia- Lewartowska (22.12). Na tej ośmioosobowej ekipie zakonnej spoczął cały „ciężar dnia i upalenia” przy odbudowie klasztoru i remoncie kościoła. W jednym z pokoi wynajętego mieszkania, urządziły siostry do­mową kaplicę, w, której odprawiała się Msza św. i przechowywany był Najświętszy Sakrament.

Wiele życzliwości w okresie odbudowy okazali Adm. Ap. ks. M. Krzywicki i ks. bp W. Jędruszuk  zezwalając na kwesty pieniężne na ten cel na terenie całej diecezji. Bardzo przychylnie ustosunkował się do starań mni­szek drohickich dr Michał Szymański pracownik Ministerstwa Kultury i Sztuki; Na jego zlecenie pracownicy P.K.Z-ów zrobili pomiary fundamen­tów klasztoru a p. inżynier Kosmulska sporządziła wstępny projekt odbudowy. Po zatwierdzeniu projektu 2. X. 1958 r. można było przystą­pić do odbudowy. Najpierw trzeba było usunąć zwały gruzów i przygo­tować wapno oraz inne materiały budowlane. Kiedy tylko odbudowane zostały dwie celki klasztorne, część korytarza a pomieszczenie od dzwo­nnicy od strony miasta przygotowane jako tako do zamieszkania, Bene­dyktynki przeniosły się do klasztoru. Było to w dniu 11 czerwca 1959 r. w kościele Wszystkich Świętych przechowywany był już na stałe Naj­świętszy Sakrament. Warunki mieszkaniowe były bardzo ciężkie. Siostry stłoczone były w 2 celach. Za refektarz służyła szopa. Przeorysza B. Sta­lińska tak wspomina ten „stołowy pokój”: „Szopa służyła nam za refe­ktarz i skład węgla oraz innych przedmiotów. Ustawiono blaszaną kuch­nię przy refektarzu. Kucharka śmiała się, że ma bardzo wygodnie, gdyż nie trzeba nosić wody, bo deszcz napełnia naczynia, a 'wiatr pomaga zdej­mować pokrywki z naczyń. Trzeba ich czasem szukać po ogrodzie. Po drugiej stronie szopy obora dla krowy, świń i kur”.

Równolegle z pracą przy odbudowie klasztoru siostry zorganizowały bezpłatne kursy kroju, szycia i gotowania dla młodzieży żeńskiej. S. Bernada Hebert podjęła pracę sekretarki w Kurii Diecezjalnej w Drohiczynie a s. Beata Janas obowiązki katechetki przy parafii Trójcy Przenajświęt­szej w Drohiczynie.

Niezwykle ofiarną, iście benedyktyńską pracę zakonnic drohickich, zda­wałoby się przekraczającą siły kobiece, ukazuje dobrze relacja reportera: „Przed kilkoma laty przybyły do Drohiczyna siostry Benedyktynki i po­stanowiły odbudować dawną siedzibę swojego zakonu. Ponieważ zakonnice te nie posiadają dostatecznych funduszów na odbudowę i opłacenie robotników — przywdziały robocze fartuchy i przystąpiły do pracy. Codziennie spotkać je można było przy odkrywaniu resztek fundamentów, sklepień i lasowaniu wapna do dołów. Przyznać trzeba, że podjęły się pracy pionierskiej i jak dotychczas — nieźle dają sobie z tym radę.” Stopniowo z chaosu rumowiska cegieł po dawnym klasztorze, zaczęły wyłaniać się mury nowej budowli, opartej na dawnych, wzmocnionych fundamentach, opasującej jak ramiona matki kościół Wszystkich Świę­tych. Dzięki ojcowskiej życzliwości ks. prymasa Wyszyńskiego, adm. ap. ks. dra M. Krzywickiego i ks. bpa W. Jędruszuka, siostry mogły dokony­wać kwest na cele odbudowy klasztoru w wielu diecezjach Polski. Zna­leźli się też hojni ofiarodawcy z zagranicy, zwłaszcza spośród Polonii angielskiej i francuskiej. Duże zasługi w tej sprawie położyli przez swoje publikacje w prasie polonijnej państwo Feliks i Zofia Bohdanowiczowie. Wojewódzkie władze konserwatorskie w uznaniu niezwykłych zasług sióstr Benedyktynek w dziele odbudowy klasztoru i przywracaniu świet­ności kościołowi Wszystkich Świętych w Drohiczynie, przyznały zakonnicom tytuł najlepszego użytkownika obiektów zabytkowych na białostoczczyźnie.

Na mocy dekretu Prymasa Polski z 15 III 1962 r., konwent drohicki uznany został za niezależny.

Gościnne progi odbudowanego klasztoru nawiedziło wielu dostojników Kościoła: Ks. Prymas Polski Stefan Kardynał Wyszyński, Nuncjusz Pa­pieski do specjalnych poruszeń Arcybiskup Łuigi Poggi, Metropolita Wro­cławski Henryk Kardynał Gulbinowicz, Sekretarz Episkopatu Ks. Arcy­biskup Bronisław Dąbrowski, Ordynariusz Częstochowski Ks. Bp S. Bareła, łomżyński — bp M. Sasinowski, siedlecki biskup J. Mazur, ks. bp E. Kisiel z Białegostoku i wielu innych.