Historia działalności Towarzystwa Jezusowego w Drohiczynie byłaby niepełna, gdyby nie uwzględniło się w jej ramach również i nieporo­zumień zwłaszcza procesów sądowych tak charakterystycznych dla XVII i XVIII w. Nie wszyscy mieszkańcy Drohiczyna i okolicy da­rzyli jezuitów życzliwością i poparciem materialnym. Zdarzały się wy­padki niedopełnienia woli testatorów przez spadkobierców, naruszenia zaciągniętych zobowiązań, bezprawnego zaboru mienia zakonnego, nie­słusznego pomówienia i oszczerstwa. Echem tych zdarzeń były procesy sądowe.

Pierwszy, wspomniany przez Załęskiego, wynikał z chęci niedopusz­czenia do osiedlenia się jezuitów w Drohiczynie i podejmowanych w związku z tym zabiegów i to tak przez dyzunitów jak i przez dro­hickich Franciszkanów. Zakonnicy św. Ignacego wyszli z tych trud­ności obronną ręką.

Następny proces związany był również z dyzunitami. Ojciec Jan Zawlicki sprowadził komisję sejmową, która zbadała sprawę cerkwi św. Mikołaja zabranej unitom przez wojska Rakoczego i oddanej prawos­ławnym. Komisja orzekła, że świątynia ma zostać zwrócona unitom. Przejął ją, zgodnie z orzeczeniem komisji, unicki biskup Benedykt Gliń­ski z Włodzimierza. Dyzunici oskarżyli wtedy na sejmie superiora re­zydencji drohickiej ojca Stanisława Tarnawieckiego o nieprawne naby­cie placów w Drohiczynie. W odpowiedzi na ten zarzut, superior oskar­żył prawosławnych o oszczerstwo. Proces odbył się przed trybunałem. Jezuici udokumentowali swoje prawa przywilejami królewskimi, na skutek czego skarżący dyzunici zostali skazani na grzywny i więzienie. Ratując się przed tym wyrokiem, zaproponowali jezuitom drohickim ugodę, składając pewną sumę na rezydencję drohicką, w zamian za co zakonnicy wycofali oskarżenie.

Nie zawsze jednak jezuici drohiccy wygrywali, nawet wtedy, gdy słuszność stała po ich stronie. Tak było w procesie o Narojki, Niemi-rów i o część ziemi zakonnej w Rudzie.

Ilustrację bezsiły prawa wobec wielmożów stanowić może proces wytoczony rezydencji drohickiej przez kanclerza J. Michała Czartoryskiego o Niemirów, posiadany przez zakonników na zasadzie zastawu. Książę domagał się zwrotu Niemirowa za sumę znacznie niższą niż ta, za którą majątek został zastawiony. Kanclerz odebrał majątek, zapłacił tylko część sumy zastawnej, a co więcej tak uprzykrzył życie superiorowi Szczepanowi Kuczyńskiemu i całej drohickiej rezydencji, że prowincjał odwołał superiora. Teraz szlachta podlaska poczuła się urażona (ojciec Kuczyński był z nią spokrewniony i był jej ulubieńcem) i zaczęła nękać rezydencję procesami, a nawet zajazdami na majątki zakonne. Czyniła to tak długo aż prowincjał przywrócił do Drohiczyna superiora Szczepana Kuczyńskiego. Rodziło to z kolei niebezpieczeństwo zemsty ze strony Czartoryskiego. Nie wiadomo, czy pomogłaby tu nawet protekcja i opieka hetmana J.K. Branickiego z Białegostoku, gdyby nie wypadek losowy, śmierć jedynego syna księcia Michała Czartoryskiego, co odwróciło jego uwagę i nienawiść od jezuitów drohickich.

Proces o Narojki, stanowiące zastaw za sumy pożyczone od jezuitów przez Tomasza Skiwskiego, to przykład, jak spadkobiercy rozumieli inaczej niż ich dziad zobowiązania wobec zakonników. I tym razem trybunał stanął po stronie wielmożów, nakazując im wprawdzie by zapłacili 21000 złotych polskich jezuitom, ale pozbawiał tych ostatnich majątku ziemskiego, który niezbędny był do podniesienia rezydencji do rangi kolegium.

Prywata widoczna jest i w innym, przegranym przez zakonników, procesie o plony i część ziemi we wsi Ruda. Podstoli drohicki Kazimierz Kuczyński „zajechał” Rudę i zabrał cały zebrany już z ziemi plon. Pozwany przez zakonników wygrał sprawę, co więcej, rezydencja musiała, mu oddać 12 mórg ziemi .a nadto zapłacić jeszcze karę.

Proces o klejnoty zapisane przez Annę Mleczkową na rezydencję, a zagarnięte przez rodzinę zmarłej, sądy w sprawie nieuiszczonych dziesięcin — to kolejne sprawy, które ciągnęły się latami.

Były też spory i procesy na forum kościelnym, jak np. proces wytoczony przez gwardiana franciszkanów drohickich Wincentego Morzego, występującego aż do Stolicy Apostolskiej przeciw utworzeniu rezydencji drohickiej OO. Jezuitów i spór z benedyktynkami drohickimi o granice i o spalenie chaty włościańskiej, stanowiącej własność rezydencji. Sprawa ta oparła się o biskupa chełmskiego Bogusława Leszczyńskiego. Jezuici, powołując się na egzempcję, odnieśli się do Stolicy Apostolskiej. Była też sprawa z proboszczem parafii Sady o kaplicę i przynależność parafialną wsi Miłkowice.

U schyłku XVII w. odbył się też proces przed sądem kościelnym w kwestii sporu jezuitów drohickich z jakimś duchownym, w wyniku któiego biskup łucki Stanisław Dąbski ekskomunikował tego duchownego i co więcej skazał go na więzienie. Przedmiot sporu w tym procesie nie jest jednak bliżej znany.

Procesy sądowe obrazują niewątpliwie ducha epoki i pieniactwo ówczesnych Polaków, są jednak również świadectwem trudności z jakimi musieli borykać się drohiccy jezuici w swojej edukacyjnej i duszpasterskiej działalności.