Kościół pofranciszkański Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w dwóch ostatnich stuleciach nie niszczyły wojny. Zniszczenia mają inną historię. Trzeba ją rozpatrzyć w powiązaniu różnych przyczyn, które się złożyły na taki stan.

Zniszczenia kościoła należy określić na bardzo duże. Nie będzie przesadą jeśli powiemy, że zachowane części kościoła, do czasów rozpoczęcia odbudowy w 1947 roku stanowiły 60% dawnej budowli. Zniszczeniu uległa architektura kościoła i jego wystrój wnętrza. Klasztor przyległy do kościoła zachował się w stanie dobrym.

Wiek dziewiętnasty, był stuleciem bardzo niepomyślnym dla franciszkańskiego konwentu, jak również dla całego miasta. W roku 1832, ukazał się ukaz carski znoszący zakony w miejscowościach mało zaludnionych. Na mocy tego zarządzenia został zniesiony klasztor franciszkanów  w Drohiczynie. Od tego czasu datuje się historia zniszczeń kościoła Wniebowzięcia NP Marii. Stał się on nieużyteczny, wykorzystywany pozostał jedynie klasztor. Na całej długości piętra zlikwidowano małe cele zakonników z krzyżakowymi sklepieniami, a urządzono w tych miejscach duże sale pokryte stropami. Na parterze w dużej części pozostały pomieszczenia dawne, jedynie  w lewym skrzydle dokonano przeróbek, tak jak na piętrze. Na potrzeby prawosławnego kultu, wydzielono w kościele zakrystię. Przystosowano ją całkowicie do form cerkiewnego obrządku. Zmieniono specjalnie sklepienie kolebkowe (zlikwidowano lunety). W miejsce szerokich i niskich okien, zamkniętych łukami odcinkowymi, wprowadzone okna wydłużone i  zamknięto je łukami pełnymi. Zmiany te były podyktowane jedynie chęcią stworzenia wybitnego charakteru cerkiewnego wnętrza. W zachodniej części zakrystii zbudowano mały i niski chórek muzyczny a za nim przedsionek, z którego drzwi prowadziły na dziedziniec koszar. Reszta kościoła była w ogóle nie wykorzystana.

Na skutek nieużyteczności niszczało z przepychem urządzone wnętrze – liczne ołtarze wykonane z cegły i ozdobione dekoracją stiukową. W 1838 roku „Tygodnik Ilustrowany” donosił, że w Drohiczynie Kościół pofranciszkański jest w stanie bliskim zupełnej ruiny. Z końca XIX wieku pochodzi zdjęcie wnętrza kościoła ilustrujące bardzo dokładnie stan zniszczeń. W nawie głównej istniało jeszcze całe sklepienie. Nie było już sklepień w lewej nawie. Najlepiej zachował się ołtarz główny. Pozostały jeszcze na nim w nienajgorszym stanie dekoracje stiukowe, które są dokładnie widoczne w zwieńczeniu nastawy ołtarzowej, a także ustawione figury na wysokości cokołów ołtarza. Ołtarze boczne i ambona, były w znacznie gorszym stanie. Najgorzej prezentowały się ołtarze w arkadach między nawowych. W drugim przęśle, w lewej arkadzie, pozostały tylko fragmenty ołtarza, mianowicie kolumny z cegieł bez tytułu i fragmentu belkowania. Ołtarz po stronie przeciwnej zachował się w dobrym stanie. Sądzić można, że to z powodu nie uszkodzonego sklepienia w nawie prawej. Ołtarze w nawie głównej zachowały w swych zwieńczeniach jeszcze dekoracje stiukowe. Nad gzymsem wieńczącym ołtarze, widzimy jeszcze wyraźne postacie. Kolumny i pilastry ołtarzy pozbawione są już tynku. W bardzo złym stanie dotrwała do tego czasu ambona. Pozostały z niej tylko fragmenty.

Zdjęcie z 1946 roku ilustruje nam bardzo zły stan kościoła, zarówno wystroju wnętrza i samej architektury.

Zniszczone zostało całe pokrycie kościoła. Więźba dachowa nie pozostała nawet we fragmentach. Uszkodzone zostały też sklepienia we wszystkich nawach, jak również kopuła w kaplicy. Zniszczony został całkowicie hełm na wieży kościoła. W wielu miejscach na zewnętrznych ścianach kościoła, zwłaszcza przy otworach okiennych, powstały ubytki muru. Wystrój wnętrza przedstawiał się znacznie gorzej jak architektura. Z ołtarzy pozostały tylko nieliczne fragmenty. Dekoracje stiukowe w kaplicy, które gęsto pokrywały jej kopułę, całkowicie odpadły (szczęśliwie zachowały się ślady po nich co umożliwia rekonstrukcję). Dekoracje figuralne ołtarzy były bardzo zniszczone. Pozostały po nich bardzo ogólne formy postaci z zachowaniem charakteru faktury, bardzo żywej, typowo dla techniki piaskowo-wapiennej.